Ochrona społeczeństwa
Humanitarne i praworządne traktowanie osób pozbawionych wolności
Resocjalizacja skazanych

Początki istnienia aresztu sięgają okresu dwudziestolecia międzywojennego. W bezpośrednim sąsiedztwie aresztu znajdował się sąd grodzki, który został spalony po II wojnie światowej. Początkowo zabudowania składały się z jednego budynku penitencjarnego usytuowanego przy al. 1 Maja 5., dopiero na przełomie lat siedemdziesiątych i osiemdziesiątych jednostka została poddana kapitalnemu remontowi. Teren poszerzono i obok jedynego pawilonu penitencjarnego dobudowano budynek administracyjny i gospodarczy. Jednostkę oddano do ponownego użytku 1 października 1983r.

W ramach działalności statutowej przy areszcie funkcjonował również Oddział Zewnętrzny w Mrowinie oddalony od Szamotuł o 15 km. W oddziale przebywali skazani recydywiści, którzy pracowali na rzecz kontrahentów zewnętrznych w rolnictwie i budownictwie. W 1991 roku oddział w Mrowinie został zlikwidowany.

W październiku 2005r. rozpoczęła się budowa nowego gmachu Sądu i Prokuratury Rejonowej w Szamotułach, który oddano do użytkowania 19.06.2008 r. Budynek ten sąsiaduje z terenem aresztu i jest z nim połączony podziemnym łącznikiem. Oddział Zewnętrzny w Szamotułach intensywnie współpracuje z organami administracji publicznej. Osadzeni przebywający w Oddziale Zewnętrznym w Szamotułach zatrudnieni są odpłatne i nieodpłatne, wykonują prace charytatywne na rzecz Miasta i Gminy Szamotuły oraz Powiatu Szamotulskiego.